Perbedaan utama: Alkitab Katolik memuat empat puluh enam buku asli Perjanjian Lama, (yang mencakup tujuh buku Apokrifa) dan dua puluh tujuh buku Perjanjian Baru. Alkitab Protestan hanya mencakup tiga puluh sembilan buku Perjanjian Lama dan dua puluh tujuh buku Perjanjian Baru.

Perbedaan utama antara gereja-gereja Katolik dan Protestan adalah keyakinan mereka tentang Alkitab. Umat Katolik memandang Alkitab memiliki otoritas yang sama dengan Gereja dan tradisi, sedangkan Protestan memandang Alkitab sebagai otoritas tertinggi untuk iman dan praktik.
Orang harus mencatat bahwa Alkitab bukan hanya satu buku; itu adalah kumpulan buku dari tulisan hingga peristiwa bersejarah. Itu adalah perpustakaan cerita tentang kehidupan Yesus, para rasulnya dan kehidupan mereka setelah Yesus mati di kayu salib. Pada akhir abad ke-4, berbagai volume dan cerita ini dipatuhi menjadi satu volume, yang pada dasarnya adalah Alkitab modern, seperti yang kita kenal. Alkitab modern terdiri dari dua bagian: Perjanjian Lama dan Perjanjian Baru.
Baik Alkitab Katolik maupun Protestan memasukkan Perjanjian Baru dalam format yang sama. Perbedaannya muncul dalam Perjanjian Lama. Perjanjian Lama sebagaimana tercantum dalam Alkitab Protestan menjalani kanonisasi doktrin atau buku. Kanonisasi adalah proses memilih buku mana yang harus tetap dan menjadi bagian dari Alkitab, dan mana yang harus dikeluarkan. Alkitab Protestan hanya mencakup buku-buku yang dianggap sebagai firman Allah. Buku-buku dan cerita-cerita yang dianggap ditulis oleh 'manusia' dikecualikan. Proses kanonisasi ini memakan waktu berabad-abad.
Perjanjian Lama dalam Alkitab asli didasarkan pada terjemahan Yunani dari Kitab Suci Yahudi, yang disebut Septuaginta. Sekitar 100 M, para rabi Yahudi merevisi Kitab Suci mereka dan menetapkan kanon resmi Yudaisme yang mengecualikan beberapa bagian dari Septuaginta Yunani.
Buku-buku yang dihapus adalah Tobit, Judith, 1 Makabe, 2 Makabe, Kebijaksanaan (Salomo), Sirach, dan Baruch. Bagian dari buku yang ada juga dihapus termasuk Mazmur 151 (dari Mazmur), bagian dari Kitab Ester, Susanna (dari Daniel sebagai pasal 13), dan Bel dan Naga (dari Daniel sebagai bab 14).

Namun, Gereja Katolik Roma tidak mengikuti langkah-langkah Protestan, dan terus mendasarkan Perjanjian Lama mereka pada Septuaginta. Jadi, pada dasarnya Alkitab Katolik masih memuat empat puluh enam buku asli Perjanjian Lama, (yang mencakup tujuh buku Apokrifa) dan dua puluh tujuh buku Perjanjian Baru. Sebaliknya, Protestan Bible sekarang memuat tiga puluh sembilan buku Perjanjian Lama dan dua puluh tujuh buku Perjanjian Baru.